跨行政區劃的環境問題主要是指超越了行政區劃邊界造成的環境問題,即某個環境問題造成的影響打破了行政區劃的界線。對此,海南省高級人民法院餘德厚在《法學雜誌》上發表《跨行政區劃壞境資源案件的司法管轄制度研究》文章指出:
新《環境保護法》提出了環境保護跨行政區劃管轄的立法精神,這為破解“立法不健全,相關條款原則性強、存在司法管轄衝突”的跨行政區劃環境資源案件司法管轄現狀提供了契機。在把脈司法實踐中所呈現之“專門管轄型”“集中管轄型”“巡回法庭型”“指定管轄型”的實踐後,問診跨行政區劃環境資源案件管轄所遇到的難題。破解之道應首先對跨行政區劃環境資源案件的司法管轄進行頂層設計,以集中管轄為主,指定管轄為輔；其次,根據環境要素特點及司法現狀,有序構建跨行政區劃環境審判機構;同時,根據司法審級規定和審判需要完善環境審判機構的層級;最後,根據跨行政區劃環境案件的管轄及審判特點,完善環境訴訟程序。
