咖啡中的酸質、油脂及咖啡因都可能刺激胃黏膜，並促進胃酸分泌，長期大量飲用含有咖啡因的飲品，會導致胃病。
眼睛咖啡因會使眼部微血管收縮（變窄），使得進入眼睛細胞的營養物質減少，也會降低眼睛清除廢物的速率。
生殖系統有研究指出，婦女懷孕期間喝咖啡，生下的嬰兒出生體重較低。也有研究顯示，服用咖啡因（相當於每天喝多於一杯咖啡）可能顯著降低婦女受孕的機會。
腎臟早上喝咖啡後愛上廁所，是許多人經常遇到的事。這是因為咖啡因會影響腎臟的腺苷受體，起到類似利尿劑的作用。咖啡因也可能減緩大腦釋放一種減少尿液生成的抗利尿激素。
咖啡因及類似藥物對於呼吸有兩種影響，一是增加呼吸速率。此外，咖啡因可使氣管周圍的平滑肌放鬆，因而使氣管擴張，增加呼吸量。但咖啡因不可以作為藥物用於臨牀來治療哮喘。
哪些人不能喝咖啡有高血壓咖啡中含有咖啡因，它能使部分敏感患者血壓升高。
有腎衰竭腎衰竭患者若有高血鉀現象，需配合限鉀飲食，咖啡含鉀量高。
有消化性潰瘍咖啡因刺激胃酸分泌，並使消化系統的肌血管鬆弛，加速食物的代謝，而降低食物的營養價值。
有糖尿病咖啡因能降低胰臟中胰島素的分泌，降低葡萄糖的耐受量，增加胰島素的排泄而使血糖上升。
咖啡因能刺激腦動力中樞，黃口呤會使血管收縮，減少腦部血流量。對癲癇病患者十分不利。
有心臟病咖啡會增加脂肪及甘油三酯的含量，增加心臟負擔及氧氣的消耗量。特別是當身體疲倦及吸煙過度時更易引起。
有缺鐵性貧血咖啡會加速食物的代謝而降低鐵的吸收率。
有腎結石預防草酸鈣結石復發，須禁食富含草酸的食物，而咖啡即為含草酸豐富的食物。
